Se trata de un edificio que fue mandado construir por el obispo de la diócesis de Osma D. Pedro Álvarez Acosta, en la segunda mitad del siglo XVI, como hospital denominado de los Santos Reyes. Sobre el arco de acceso, se puede contemplar un pequeño relieve de la adoración de los Reyes Magos.
El templo está compuesto de una sola nave, y en su interior destaca la bóveda plana de piedra situada en la cabecera. Bajo ella se encuentra la talla renacentista del Santísimo Cristo del Milagro, muy probablemente, procedente del desaparecido convento de dominicos ubicado enfrente. La imagen procesiona, con su hermandad titular, en la noche del Jueves Santo, y debe su nombre al milagro sucedido durante la francesada, cuando un soldado francés le dio una bofetada, tras la cual su brazo quedó paralizado.
A lo largo de la historia, el edificio ha sufrido numerosas modificaciones, añadiendo en la entrada oeste, parte de la fachada del palacio renacentista de Antonio Miranda, o en los años 90, en la capilla, la cabecera gótica de Santa Marina de Revilla.